До повноважень спеціально уповноваженого органу виконавчої влади з питань аграрної політики при проведенні моніторингу родючості ґрунтів належать:
організація розроблення та впровадження загальнодержавних і регіональних програм із збереження, відтворення та охорони родючості ґрунтів;
розроблення та впровадження ґрунтозахисних та екологобезпечних технологій виробництва сільськогосподарської продукції;
спостереження за зміною показників якісного стану ґрунтів у результаті проведення господарської діяльності на землях сільськогосподарського призначення;
проведення моніторингу родючості ґрунтів та агрохімічної паспортизації земель сільськогосподарського призначення;
формування національного, регіонального та місцевих інформаційних банків даних про стан ґрунтів земель сільськогосподарського призначення;
ведення балансу потреби і надходження пестицидів та агрохімікатів в Україну, погодження технічних умов та питань щодо їх ввезення;
розроблення і сприяння впровадженню механізму економічного стимулювання застосування ґрунтозахисних технологій та підвищення родючості ґрунтів;
подання органам виконавчої влади або органам місцевого самоврядування клопотань про обмеження чи припинення робіт, які ведуться з порушенням агротехнічних та ґрунтозахисних технологій;
підготовка експертних висновків і участь у розгляді справ щодо порушень законодавства України про пестициди та агрохімікати у сфері охорони і відтворення родючості ґрунтів;
вирішення інших питань відповідно до закону.