Видатки, передбачені за зазначеного програмою, можуть також розподілятися Кабінетом Міністрів України за погодженням з Комітетом Верховної Ради України з питань бюджету для забезпечення заходів, пов’язаних з реорганізацією (ліквідацією) центральних органів виконавчої влади.
Видатки за бюджетною програмою "Заходи щодо оптимізації системи центральних органів виконавчої влади та скорочення кількості контролюючих органів" можуть збільшуватися Кабінетом Міністрів України за погодженням з Комітетом Верховної Ради України з питань бюджету за рахунок інших бюджетних програм, за якими передбачені видатки на забезпечення діяльності центральних органів виконавчої влади, у разі прийняття рішень про скорочення функцій та відповідно граничної чисельності працівників цих органів, а також виникнення економії коштів при виконанні заходів, пов’язаних з реорганізацією (ліквідацією) центральних органів виконавчої влади.