Міністерство транспорту України, Центральний орган виконавчої влади в галузі транспорту, координуючи діяльність Державної спеціальної служби транспорту:
забезпечує організацію функціонування її діяльності, розвиток і постійну готовність до виконання поставлених завдань як у мирний час, так і в особливий період;
приймає рішення щодо створення, реорганізації, ліквідації та дислокації підрозділів Державної спеціальної служби транспорту;
організовує постачання Державній спеціальній службі транспорту спеціальної техніки, матеріальних, фінансових та інших ресурсів і майна, здійснює контроль за їх ефективним використанням і своєчасним списанням;
забезпечує здійснення взаємовідносин Державної спеціальної служби транспорту з органами державної влади всіх рівнів, органами місцевого самоврядування, громадськими організаціями, а також міжнародне співробітництво;
контролює дотримання законодавства особовим складом Державної спеціальної служби транспорту;
спільно з Генеральним штабом Збройних Сил України визначає потреби Державної спеціальної служби транспорту в озброєнні, військовій техніці, матеріально-технічних, енергетичних ресурсах, необхідних для належного виконання покладених на Державну спеціальну службу транспорту завдань в особливий період, контролює їх якість, своєчасність і повноту отримання;
здійснює інші повноваження, встановлені законом.