Правовими засадами діяльності Державної спеціальної служби транспорту є Конституція України, цей та інші закони України, міжнародні договори України, згода на обов’язковість яких надана Верховною Радою України, акти Президента України та Кабінету Міністрів України, а також видані відповідно до них інші нормативно-правові акти, накази та директиви Міністерства оборони України та Головнокомандувача Збройних Сил України.
Діяльність Державної спеціальної служби транспорту здійснюється на основі принципів верховенства права, законності, єдиноначальності та централізації управління, відповідальності, узгодження дій з Головнокомандувачем Збройних Сил України та центральним органом виконавчої влади, що забезпечує формування та реалізує державну політику у сфері транспорту.
Функції та повноваження Державної спеціальної служби транспорту визначаються цим та іншими законами України.