Фінансування Державної спеціальної служби транспорту здійснюється за рахунок коштів Державного бюджету України в межах обсягів бюджетних призначень, визначених головному розпоряднику - центральному органу виконавчої влади, що забезпечує формування та реалізує державну політику у сфері транспорту, дорожнього господарства, туризму та інфраструктури і передбачених окремим рядком у Державному бюджеті України, а також з інших джерел, передбачених законом.