Морська охорона Державної прикордонної служби України здійснює: охорону державного кордону на морі, річках, озерах та інших водоймах; контроль за плаванням і перебуванням українських та іноземних невійськових суден і військових кораблів у територіальному морі та внутрішніх водах України, заходженням іноземних невійськових суден і військових кораблів у внутрішні води і порти України та перебуванням у них; охорону суверенних прав України в її виключній (морській) економічній зоні та контроль за реалізацією прав і виконанням зобов'язань у цій зоні інших держав, українських та іноземних юридичних і фізичних осіб, міжнародних організацій.
До складу загону морської охорони входять кораблі, катери та судна забезпечення.