Керівництво Державною прикордонною службою України та діяльністю центрального органу виконавчої влади, що реалізує державну політику у сфері охорони державного кордону, здійснює Голова Державної прикордонної служби України. Голова Державної прикордонної служби України несе персональну відповідальність за виконання завдань, покладених на Державну прикордонну службу України.
Голову Державної прикордонної служби України призначає на посаду Президент України за поданням Прем’єр-міністра України та припиняє його повноваження на цій посаді. Голова Державної прикордонної служби України має заступників, які призначаються Президентом України за поданням Голови Державної прикордонної служби України.