Державна прикордонна служба України є правоохоронним органом спеціального призначення і має таку загальну структуру:
центральний орган виконавчої влади, що реалізує державну політику у сфері охорони державного кордону;
територіальні органи центрального органу виконавчої влади, що реалізує державну політику у сфері охорони державного кордону;
Морська охорона, яка складається із загонів морської охорони;
органи охорони державного кордону - прикордонні загони, окремі контрольно-пропускні пункти, авіаційні частини;
розвідувальний орган центрального органу виконавчої влади, що реалізує державну політику у сфері охорони державного кордону.
Загальна чисельність Державної прикордонної служби України становить 60000 осіб, у тому числі 52000 військовослужбовців. В особливий період загальна чисельність Державної прикордонної служби України збільшується на кількість особового складу, призваного на військову службу на виконання указів Президента України про мобілізацію, затверджених законами України.
Центральний орган виконавчої влади, що реалізує державну політику у сфері охорони державного кордону, територіальні органи центрального органу виконавчої влади, що реалізує державну політику у сфері охорони державного кордону, органи охорони державного кордону та інші органи, зазначені у частині першій цієї статті, є юридичними особами, мають печатку із зображенням Державного Герба України та своїм найменуванням, інші печатки і штампи, рахунки в банках, у тому числі в іноземній валюті.
У системі Державної прикордонної служби України є також навчальні заклади, науково-дослідні установи, підрозділи спеціального призначення та органи забезпечення.