Контроль за діяльністю Державної прикордонної служби України здійснюється Президентом України відповідно до повноважень, визначених Конституцією України.
Голова Державної прикордонної служби України систематично інформує Президента України, Раду національної безпеки і оборони України з основних питань діяльності Державної прикордонної служби України, а також щороку подає Президенту України письмовий звіт про діяльність Державної прикордонної служби України.