Рахункова палата здійснює контроль за виконанням Програми шляхом проведення попереднього аналізу до розгляду на своїх засіданнях та на засіданнях комітетів Верховної Ради України звітів, проведення фінансових перевірок діяльності та виконання Фондом державного майна України плану надходжень до Державного бюджету України.