До повноважень спеціально уповноваженого органу з питань авіаційної безпеки цивільної авіації належить:
підготовка разом з іншими центральними органами виконавчої влади проектів нормативно-правових актів, що стосуються реалізації державної політики у сфері авіаційної безпеки;
реалізація єдиної державної політики у сфері авіаційної безпеки, захисту цивільної авіації від актів незаконного втручання;
організація виконання центральними органами виконавчої влади, установами, організаціями, підприємствами, а також авіаційними суб'єктами вимог у сфері авіаційної безпеки;
проведення реєстрації та сертифікації суб'єктів забезпечення авіаційної безпеки цивільної авіації, а також оцінки з питань авіаційної безпеки підрозділів, що займаються авіаційною діяльністю;
розроблення вимог щодо рівня кваліфікації та професійної підготовки авіаційного персоналу з питань авіаційної безпеки;
проведення сертифікації навчальних закладів цивільної авіації та участь у сертифікації інших навчальних закладів з підготовки спеціалістів цивільної авіації, які мають відношення до забезпечення авіаційної безпеки;
участь у службових розслідуваннях авіаційних подій з цивільними повітряними суднами на території України та в установленому законодавством порядку - з цивільними повітряними суднами інших держав, а також актів незаконного втручання;
здійснення контролю за станом забезпечення авіаційної безпеки;
проведення експертизи проектів будівництва нових і реконструкції діючих аеропортів щодо дотримання вимог авіаційної безпеки.