Фінансування витрат на забезпечення авіаційної безпеки здійснюється відповідно до Положення про державний спеціалізований фонд фінансування загальнодержавних витрат на авіаційну діяльність та участь України в міжнародних авіаційних організаціях, що затверджується Кабінетом Міністрів України, у межах коштів, що надходять до спеціального фонду державного бюджету на відповідний рік для забезпечення діяльності цивільної авіації в Україні та участі України в міжнародних організаціях, а також на утримання спеціально уповноваженого органу з питань авіаційної безпеки цивільної авіації.