Контроль за використанням Управлінням державної охорони України коштів Державного бюджету України здійснюється Рахунковою палатою відповідно до її повноважень, встановлених законодавством України.
Контроль за фінансовою та адміністративно-господарською діяльністю Управління державної охорони України здійснюється в порядку, визначеному Президентом України.