Основними стадіями розроблення та виконання державної цільової програми є:
ініціювання розроблення державної цільової програми, розроблення та громадське обговорення концепції програми;
схвалення концепції програми та прийняття рішення щодо розроблення проекту програми, визначення державного замовника та строків її розроблення;
розроблення проекту програми - визначення заходів і завдань, що пропонуються для включення до неї, а також обсягів і джерел фінансування;
стратегічна екологічна оцінка у випадках, визначених Законом України "Про стратегічну екологічну оцінку";
{Частину першу статті 5 доповнено новим абзацом згідно із Законом № 2354-VIII від 20.03.2018 }
державна експертиза проекту програми;
погодження та затвердження програми;
проведення конкурсного відбору виконавців заходів і завдань програми;
організація виконання заходів і завдань програми, здійснення контролю за їх виконанням;
підготовка та оцінка щорічних звітів про результати виконання програми, а в разі потреби - проміжних звітів;
підготовка та опублікування в офіційних друкованих виданнях заключного звіту про результати виконання програми.
Порядок розроблення та виконання державних цільових програм ( 106-2007-п ) затверджується Кабінетом Міністрів України.