Центральний орган виконавчої влади з питань економіки та європейської інтеграції:
здійснює методичне забезпечення робіт з розроблення та виконання державних цільових програм з питань своєї компетенції;
розглядає та погоджує проекти концепцій державних цільових програм і проекти державних цільових програм;
здійснює разом з державними замовниками за участю центральних органів виконавчої влади з питань фінансів, з питань освіти і науки (щодо наукових та науково-технічних програм) аналіз проектів програм з метою збалансування необхідних для їх виконання ресурсів;
включає за поданням державних замовників заходи, завдання і показники затверджених державних цільових програм до відповідних розділів проекту Державної програми економічного і соціального розвитку України на відповідний рік та формує у складі цього проекту перелік державних цільових програм з визначенням усіх джерел їх фінансування;
розглядає та погоджує пропозиції державних замовників щодо внесення змін до програм;
здійснює щороку разом з державними замовниками, центральними органами виконавчої влади з питань фінансів, з питань праці та соціальної політики, з питань освіти і науки (щодо наукових та науково-технічних програм) аналіз стану виконання державних цільових програм та вносить Кабінету Міністрів України пропозиції щодо подальшого виконання програм або його припинення;
на підставі отриманого заключного звіту готує разом із центральними органами виконавчої влади з питань фінансів, з питань праці та соціальної політики, з питань освіти і науки (щодо наукових та науково-технічних програм) та надсилає державному замовнику узагальнений висновок про кінцеві результати виконання програми;
веде облік державних цільових програм і надає відповідну інформацію центральному органу виконавчої влади з питань фінансів та державним замовникам.