Виконання державної цільової програми припиняється після закінчення встановленого строку. Державний замовник складає заключний звіт про результати виконання програми та подає його Кабінету Міністрів України разом з узагальненим висновком про кінцеві результати виконання програми не пізніше ніж у тримісячний строк після закінчення встановленого строку виконання програми.
Виконання державної цільової програми припиняється достроково в разі:
оголошення надзвичайної ситуації загальнодержавного значення, що унеможливлює виконання програми;
припинення фінансування заходів і завдань програми - за спільним поданням державного замовника, центральних органів виконавчої влади, що забезпечують формування державної політики у сфері економічного розвитку, державної фінансової політики;
втрати актуальності головної мети програми - за спільним поданням державного замовника, центральних органів виконавчої влади, що забезпечують формування державної політики у сфері економічного розвитку, державної фінансової політики, державної політики у сферах трудових відносин, соціального захисту населення, освіти і науки (щодо наукових та науково-технічних програм).
Рішення про дострокове припинення виконання загальнодержавних програм приймається Верховною Радою України за поданням Кабінету Міністрів України.
Рішення про дострокове припинення виконання інших державних цільових програм приймається Кабінетом Міністрів України.