Захист інформації в Реєстрі забезпечується шляхом авторизації з безпеки Реєстру або на підставі сертифіката відповідності стандарту інформаційної безпеки.
Підтвердження дотримання вимог безпеки здійснюється протягом усього життєвого циклу системи згідно з Порядком авторизації з безпеки інформаційних, електронних комунікаційних, інформаційно-комунікаційних, технологічних систем, затвердженим постановою Кабінету Міністрів України від 18 червня 2025 року № 712.