Ведення Червоної книги України здійснюється спеціально уповноваженим центральним органом виконавчої влади з питань екології та природних ресурсів.
Методичне забезпечення ведення Червоної книги України здійснюється на основі використання відомостей, які містяться в кадастрах тваринного і рослинного світу, природно-заповідного фонду, літописах природи заповідників та національних природних парків, а також в інших науково-технічних інформаційних матеріалах.
Наукове забезпечення ведення Червоної книги України, підготовку пропозицій про занесення до Червоної книги України та про виключення з неї рідкісних і таких, що перебувають під загрозою зникнення, видів тваринного і рослинного світу, організацію наукових досліджень, розроблення заходів щодо збереження і охорони таких видів та контроль за їх виконанням, координацію відповідної діяльності державних органів та громадських організацій здійснює Національна комісія з питань Червоної книги України, яка створюється Кабінетом Міністрів України.
До складу Національної комісії з питань Червоної книги України включаються провідні вчені Національної академії наук України, інших наукових установ, фахівці спеціально уповноважених центральних органів виконавчої влади з питань екології та природних ресурсів, з питань лісового і мисливського господарства та полювання, з питань рибного господарства, інших державних органів і громадських організацій.
Персональний склад Національної комісії з питань Червоної книги України та Положення про неї затверджуються Кабінетом Міністрів України за поданням спеціально уповноваженого центрального органу виконавчої влади з питань екології та природних ресурсів.
Матеріально-технічне забезпечення діяльності Національної комісії з питань Червоної книги України здійснюється спеціально уповноваженим центральним органом виконавчої влади з питань екології та природних ресурсів.