Для вирішення питань проходження альтернативної служби утворюються комісії у справах альтернативної служби: республіканська, Кримської АРСР, обласні, міські (міст республіканського підпорядкування), а в разі необхідності - районні і міські комісії.
Положення про комісії у справах альтернативної служби та про порядок проходження альтернативної служби затверджуються Кабінетом Міністрів України.