Для здійснення видатків державного бюджету за бюджетною програмою КПКВ 1002030 Агенція надсилає на погодження Адміністрації Держприкордонслужби затверджений за формою План використання бюджетних коштів, затверджений наказом Міністерства фінансів України від 28 січня 2002 року № 57, зареєстрований у Міністерстві юстиції України 01 лютого 2002 року за № 86/6374 (у редакції наказу Міністерства фінансів України від 26 листопада 2012 року № 1220) (далі — План). До Плану долучається помісячний розподіл у розрізі переліку отримувачів та Адміністрації Держприкордонслужби для покриття витрат на утримання Агенції у двох примірниках, з яких один примірник після погодження Адміністрацією Держприкордонслужби повертається Агенції, другий примірник залишається в Адміністрації Держприкордонслужби.