Агенція подає бюджетну звітність до Державної казначейської служби України, бюджетну, управлінську, іншу звітність та інформацію, що розкриває окремі показники звітності, до Адміністрації Держприкордонслужби в установленому законодавством порядку та з урахуванням вимог головного розпорядника бюджетних коштів.