Фінансування здійснюється шляхом перерахування інвестиційним керуючим коштів на спеціальний рахунок підприємства, що відкривається в банківській установі після укладення інноваційного договору, на підставі наданих підприємством документів (договори, угоди, контракти, рахунки-фактури тощо), які підтвержують зазначені витрати та їх відповідність кошторису витрат інноваційного проекту.