Для підвищення рівня захищеності НСМЕП відповідно до регламенту НСМЕП та/або за рішенням Платіжної організації НСМЕП здійснюється перехід на нові версії системних та банківських ключів. Періодичність зміни версії системних ключів - не рідше одного разу на рік.