За своїм функціональним призначенням та місцем використання всі ключі НСМЕП можна розбити на три різні типи: транспортні, системні та банківські ключі.
Побудову транспортних та системних ключів виконує управління захисту інформації Департаменту інформатизації Національного банку. Побудову банківських ключів виконують банки-учасники та/або БПЦ НСМЕП за допомогою спеціального програмного забезпечення БЦГКІ яке надається управлінням захисту інформації Департаменту інформатизації Національного банку.