Основною метою криптографічного захисту інформації в НСМЕП є забезпечення конфіденційності та цілісності (захисту від несанкціонованої модифікації) електронної інформації, а також суворої автентифікації всіх учасників платіжних операцій, підготовки та оброблення електронних документів.