Питання захисту інформації в НСМЕП розглядаються на всіх етапах розроблення, впровадження та експлуатації програмно-технічного забезпечення НСМЕП і включають чіткий розподіл відповідальності на кожному етапі підготовки, оброблення та виконання електронних банківських документів на всіх рівнях.