Для уникнення непередбачених затримок у роботі НСМЕП у разі повного або часткового виходу з ладу всіх МБ члена/учасника НСМЕП, у яких зберігаються в захищеному вигляді ключі цієї системи мають вестися архіви криптопакетів цих ключів. Основним архівом є архів системного ЦГКІ, який обслуговується відповідальними особами управління захисту інформації Департаменту інформатизації Національного банку.