Керівник Центру призначається Міністром охорони здоров'я Автономної Республіки Крим, керівниками структурних підрозділів з питань охорони здоров'я обласних, Київської та Севастопольської міських державних адміністрацій або головним лікарем закладу охорони здоров'я, у структурі якого він створений.