Центр у своїй діяльності керується Конституцією України, законами України, постановами Кабінету Міністрів України, Указами Президента України, іншими нормативно-правовими актами та цим Положенням, координує свою роботу з Державним центром планування сім'ї та репродуктивного здоров'я та взаємодіє із закладами охорони здоров'я, а також з профільними кафедрами вищих медичних навчальних закладів (медичних факультетів вищих навчальних закладів), відділами науково-дослідних інститутів, з державними та громадськими організаціями.