Організаційно-методичне керівництво роботою СКВ здійснює санепідустанова, до складу якої він входить. Консультативно-методичну допомогу надають відділ особливо небезпечних інфекцій Українського центру державного санітарно-епідеміологічного нагляду та відповідні протичумні установи МОЗ України.