СКВ працює у взаємодії з іншими контрольними службами, які здійснюють прикордонний, митний, ветеринарний, фітосанітарний та екологічний контроль, проводять інструктаж їх співробітників з питань профілактики інфекційних хвороб, зазначених у пункті 1 Правил санітарної охорони території України ( 696-99-п ).
У своїй діяльності СКВ керується законодавством України, нормативно-правовими актами МОЗ України, наказами головного державного санітарного лікаря України, Правилами санітарної охорони території України ( 696-99-п ), Порядком медичного (санітарного) огляду в пунктах пропуску через державний кордон України ( z0519-00 ) та цим Положенням.