СКВ проводить свою роботу згідно з планом роботи відповідної санітарно-епідеміологічної станції, територіальними комплексними програмами і планами захисту населення від інфекційних хвороб, що затверджені місцевими органами виконавчої влади, планом первинних протиепідемічних заходів у разі виявлення хворих або осіб з підозрою на зараження будь-якою інфекційною хворобою, погодженим з адміністрацією морських, річкових портів, відкритих для міжнародних зв'язків, відповідними установами і службами в них (Держкомкордон, Держмитслужба, МВС, транспортна служба та інші), головним лікарем відповідного лікувально-профілактичного закладу та затвердженим головним лікарем санітарно-епідеміологічної станції.