СКП здійснює свою роботу згідно з:
планом роботи відповідної санітарно-епідеміологічної станції, територіальними комплексними програмами і планами захисту населення від інфекційних хвороб, що затверджені місцевими органами виконавчої влади;
планом первинних протиепідемічних заходів у разі виявлення хворих або осіб з підозрою на зараження будь-якою інфекційною хворобою, погодженим з адміністрацією аеропорту, та погодженим і затвердженим з відповідними установами і службами в аеропорту (Держкомкордон, Держмитслужба, МВС, транспортна служба та інші), головним лікарем відповідного лікувально-профілактичного закладу та затвердженим головним лікарем санітарно-епідеміологічної станції.