Організаційно-методичне керівництво роботою СКП забезпечує відділ особливо небезпечних інфекцій, до складу якого він входить, консультативно-методичну допомогу СКП надають відділ особливо небезпечних інфекцій Українського центру державного санітарно-епідеміологічного нагляду, Український науково-дослідний протичумний інститут ім. І.І.Мечникова, а також Кримська протичумна станція.