СКП працює у взаємодії з іншими контрольними службами, що здійснюють прикордонний, митний, ветеринарний, фітосанітарний та екологічний контроль.
У своїй діяльності СКП керується законодавством України, нормативно-правовими актами МОЗ, наказами головного державного санітарного лікаря України, Правилами санітарної охорони території України ( 696-99-п ), цим Положенням та Порядком медичного (санітарного) огляду в пунктах пропуску через державний кордон України ( z0519-00 ).