Основним завданням СКП є запобігання занесенню і розповсюдженню на території України інфекційних хвороб, зазначених у пункті 1 Правил санітарної охорони території України, які затверджені постановою Кабінету Міністрів України від 24 квітня 1999 р. N 696 ( 696-99-п ).