СКП на автошляхах України створюється після прийняття Кабінетом Міністрів України акта про відкриття пункту пропуску через державний кордон. Рішення про утворення СКП приймається Радою міністрів Автономної Республіки Крим, обласними, Київською та Севастопольською міськими держадміністраціями на підставі подання головного державного санітарного лікаря відповідної адміністративної території та за погодженням з головним державним санітарним лікарем України.