СКП здійснює свою роботу згідно з планом роботи відповідної санітарно-епідеміологічної станції, територіальними комплексними програмами і планами захисту населення від інфекційних хвороб, що затверджені місцевими органами виконавчої влади; планом первинних протиепідемічних заходів у разі виявлення хворих або осіб з підозрою на зараження будь-якою інфекційною хворобою, погодженим з адміністрацією та відповідними установами і службами в пункті пропуску через державний кордон України.