Організаційно-методичне керівництво роботою СКП забезпечує відділ особливо небезпечних інфекцій територіальної обласної (міської) санепідстанції, консультативно-методичну допомогу СКП надають відділ особливо небезпечних інфекцій Українського центру державного санітарно-епідеміологічного нагляду та відповідні протичумні установи Міністерства охорони здоров'я України.