Прокурори-криміналісти безпосередньо підпорядковуються: у Генеральній прокуратурі України - начальнику управління криміналістики, а також начальнику Головного слідчого управління, відповідному заступнику Генерального прокурора України; у прокуратурах обласного рівня - начальнику відділу криміналістики, а також відповідному заступнику прокурора області.