Засідання Комісії проводяться по черзі на території України і Республіки Молдова. На засіданні головує представник приймаючої Сторони.
Місце і дата проведення чергового засідання узгоджуються на попередньому засіданні і підтверджуються письмово не пізніше ніж за 15 днів до його початку.
Протоколи засідань складаються в двох примірниках, кожний українською і молдовською мовами, при цьому обидва тексти є автентичними.