У своїй діяльності структурні підрозділи апарату підпорядковані керівнику апарату Суду, а також відповідно до встановленого розподілу обов'язків його заступнику, взаємодіють між собою шляхом проведення консультацій, узгодження планів роботи тощо.
Структурний підрозділ, що безпосередньо забезпечує діяльність відповідної судової палати, свою діяльність погоджує також із секретарем цієї судової палати.