Керівництво роботою апарату здійснює керівник апарату Суду. Керівник апарату Суду має заступника.
Керівник апарату Суду і його заступник призначаються на посаду та звільняються з неї Головою Державної судової адміністрації України. У своїй діяльності керівник апарату Суду, його заступник підконтрольні Голові Суду і підзвітні зборам суддів.