Міжнародна діяльність спеціально уповноваженого центрального органу виконавчої влади в галузі митної справи спрямовується і координується Президентом України та Кабінетом Міністрів України.
Проведення переговорів та консультативної роботи, пов'язаної з підготовкою міждержавних, міжурядових і міжвідомчих угод з питань митної справи, може здійснюватися спеціально уповноваженим центральним органом виконавчої влади в галузі митної справи за дорученням Президента України, Кабінету Міністрів України в обсязі наданих відповідно до закону повноважень.