Підрозділи митної варти розміщуються, як правило, в місцях розташування регіональних митниць і митниць.
За рішенням керівника спеціально уповноваженого центрального органу виконавчої влади в галузі митної справи особовий склад, транспорт, озброєння та спеціальні засоби підрозділів митної варти у разі оперативної необхідності можуть бути тимчасово переміщені в інші регіони України поза місцем основного розміщення.