Судна каботажного плавання, що плавають під Державним Прапором України, а також судна каботажного плавання, що плавають під іноземним прапором, за умови одержання на це дозволу центрального органу виконавчої влади в галузі транспорту, перебувають під митним контролем протягом усього часу каботажу. Митне оформлення таких суден здійснюється документально після повернення з рейсу на підставі письмового повідомлення капітана судна про те, що судно під час рейсу не заходило в порти інших держав і не причалювало до суден закордонного плавання, а при виході в рейс - що цим рейсом не передбачається захід до портів інших держав та причалювання до суден закордонного плавання.
Митне оформлення рибної продукції, виробленої українськими суднами в межах Азово-Чорноморського басейну, здійснюється без оформлення вантажної митної декларації. Оподаткування зазначеної продукції здійснюється відповідно до законів України.
Якщо судно під час рейсу з будь-якої причини заходило в порти інших держав або причалювало до суден закордонного плавання, воно підлягає митному контролю на загальних підставах.