Безпосереднє здійснення митної справи покладається на митні органи України.
Митні органи, реалізуючи митну політику України, виконують такі основні завдання:
1) виконання та контроль за додержанням законодавства України з питань митної справи;
2) захист економічних інтересів України;
3) забезпечення виконання зобов'язань, передбачених міжнародними договорами України з питань митної справи, укладених в установленому законом порядку;
4) сприяння захисту інтелектуальної власності учасників зовнішньоекономічних зв'язків, інших юридичних та фізичних осіб;
5) застосування відповідно до закону заходів тарифного та нетарифного регулювання при переміщенні товарів через митний кордон України;
6) здійснення митного контролю та митного оформлення товарів і транспортних засобів, що переміщуються через митний кордон України, вдосконалення форм і методів їх здійснення;
7) контроль за дотриманням правил переміщення валютних цінностей через митний кордон України;
8) здійснення спільно з іншими уповноваженими органами державної влади заходів щодо захисту інтересів споживачів товарів і додержання учасниками зовнішньоекономічних зв'язків державних інтересів на зовнішньому ринку;
9) створення сприятливих умов для прискорення товарообігу та пасажиропотоку через митний кордон України;
10) боротьба з контрабандою та порушеннями митних правил;
11) розвиток міжнародного співробітництва у галузі митної справи;
12) ведення митної статистики;
13) ведення Української класифікації товарів зовнішньоекономічної діяльності;
14) здійснення верифікації (встановлення достовірності) сертифікатів походження товарів з України.
Органи державної влади, Президент України в межах своїх повноважень, визначених Конституцією України ( 254к/96-ВР ) та законами України, здійснюють керівництво митною справою та контроль за діяльністю митних органів України.