Безпосереднє здійснення митної справи покладається на митні органи України. Систему органів управління митною справою становлять Державний митний комітет України та митниці України.
Митні органи України при проведенні в життя митної політики розв'язують такі головні завдання:
а) захист економічних інтересів України;
б) контроль за додержанням законодавства України про митну справу;
в) забезпечення виконання зобов'язань, які випливають з міжнародних договорів України стосовно митної справи;
г) використання засобів митно-тарифного та позатарифного регулювання при переміщенні через митний кордон України товарів та інших предметів;
д) вдосконалення митного контролю і оформлення товарів та інших предметів, що переміщуються через митний кордон України;
е) комплексний контроль разом з Національним банком України за валютними операціями;
є) здійснення заходів щодо захисту інтересів споживачів товарів і додержання учасниками зовнішньоекономічних зв'язків державних інтересів на зовнішньому ринку за участю Міністерства зовнішньоекономічних зв'язків України;
ж) створення сприятливих умов для прискорення товарообігу та пасажиропотоку через митний кордон країни;
з) боротьба з контрабандою та порушеннями митних правил;
и) співробітництво з митними та іншими органами зарубіжних країн, а також з міжнародними організаціями з питань митної справи;
і) ведення митної статистики.
Державний митний комітет України створюється Кабінетом Міністрів України. Голова Державного митного комітету України затверджується Верховною Радою України за поданням Кабінету Міністрів України.
Створення, реорганізація та ліквідація митниць України здійснюються Державним митним комітетом України за погодженням з Кабінетом Міністрів України.