Митні органи України у своїй діяльності взаємодіють з іншими державними органами, підприємствами та громадянами.
Державні та інші органи, що відповідно до законів України не здійснюють загального керівництва митною справою, не вправі приймати рішення, які входять до компетенції митних органів України, чи іншим чином втручатися у діяльність цих органів.