Основні критерії вибору теми МТД передбачають:
важливість проблеми для громадського здоров’я, її пріоритетність та відповідність стратегічній меті сфери охорони здоров’я;
важливість проблеми для практичного застосування в охороні здоров’я, що підтверджується аналізом наявної документації, впливом на медичну практику, оцінку стану справ в обраній сфері та заходів, що проводяться для вирішення проблеми або призводять до її поглиблення;
наявність високоякісних доказових даних з проблеми, що підтверджується існуванням клінічних настанов, що відповідають вимогам доказової медицини та отримали високу оцінку за опитувальником AGREE;
необхідність уніфікації підходів для вирішення проблеми;
потенційну можливість досягнення клінічного та/або економічного ефекту прийнятними для України шляхами покращення медичної практики;
наявність фінансових ресурсів для розробки МТД.